Учебный план строится на ядре из традиционных физико-математических дисциплин МФТИ и комплексе специализированных предметов, объединенных в несколько образовательных треков.
Треки взаимосвязаны друг с другом и обеспечивают разностороннее образование в области системного анализа, включающее математические, естественно-научные, инженерные и экономические аспекты. Студент может корректировать объем учебных треков в зависимости от задач своей практической работы.